Leerlingparticipatie
Het USG hecht veel waarde aan de inbreng van leerlingen. Onze leerlingen kunnen op verschillende manieren meedenken over het schoolbeleid. Naast de gebruikelijke leerlingvertegenwoordiging in de MR kent het USG een zeer actieve leerlingenraad, waarvan de voorzitters om de week met de rector overleggen. Daarnaast heeft iedere klas twee klassenvertegenwoordigers, die ieder kwintaal met de conrector de gang van zaken in het betreffende leerjaar bespreken. Leerlingen die een actieve bijdrage willen leveren aan ons onderwijs kunnen dat bij één van de vele leerlingverenigingen of als leerlingmentor.

Medezeggenschap
De medezeggenschapsraad (MR) bestaat uit een gekozen geleding van ouders en leerlingen en uit personeelsleden (OMR). De LMR voert regelmatig overleg met de schoolleiding over diverse schoolzaken en heeft over een aantal zaken instemmings- of adviesrecht.
Om de leerlingen zoveel mogelijk te betrekken bij de medezeggenschap bestaat ook de leerlingenraad. De leerlingenraad komt wekelijks bijeen en heeft iedere twee weken overleg met de rector.
Ouderraad
De ouderraad heeft als voornaamste taak het contact tussen ouders en school en ouders onderling te bevorderen.
De Ouderraad heeft de volgende taken:
- Het instellen, in stand houden en beheren van het Gregoriusfonds, waarvoor de gelden worden bijeengebracht door de ouders of verzorgers van de leerlingen van het Utrechts Stedelijk Gymnasium om daaruit gelden beschikbaar te stellen om (onderwijs)activiteiten te ondersteunen;
- De belangstelling voor en betrokkenheid van ouders bij de school in al haar facetten bevorderen;
De belangen van de ouders behartigen bij de medezeggenschapsraad, bij de schoolleiding en bij het schoolbestuur; - Activiteiten organiseren, zoals evenementen voor en door de leerlingen, ouderavonden en vergaderingen.
Schoolfondsen
De school kent drie fondsen: het Gregoriusfonds, het Hieronymusfonds en het Willebrordusfonds. De namen zijn ontleend aan de drie heiligen die bij de stichting van de school in 1474 kandidaat waren om schutspatroon te worden. De keuze viel toen op Hieronymus, de heilige met de leeuw en de splinter.
Het Gregoriusfonds werd opgericht in 1946 met het doel “het gemeenschapsleven van de leerlingen te bevorderen en het verenigingsleven te stimuleren”. Het bestuur ziet dit als een belangrijke taak. Van de ouders wordt elk jaar per kind een bijdrage voor het fonds gevraagd. Het geld wordt besteed aan de leerlingenverenigingen, culturele activiteiten en materiële steun aan school.
Het Hieronymusfonds is de vereniging van oud-leerlingen, die de band tussen hen en de school wil onderhouden en geld beschikbaar stelt voor zaken waaraan de schoolgemeenschap als geheel behoefte heeft. Op deze manier konden in de loop der jaren bijvoorbeeld kunstvoorwerpen, bibliotheekboeken, computers, tuinmeubilair en een kampeeruitrusting worden aangeschaft. Ook bij een lustrum of een andere speciale feestelijke gelegenheid ontvangt de school geschenken van dit fonds.
Tot 1800 bestond te Utrecht een tehuis voor leerlingen (toen nog Hieronymusschool geheten) onder de naam “Collegium Willebrordi ac domus pauperum”.
Toen het tehuis in 1800 werd opgeheven en verkocht, stichtte men van de vrijgekomen gelden een fonds met dezelfde naam. In 1977 werd het fonds omgezet in een stichting. In het bestuur ervan zitten onder andere twee leden namens de ouderraad en twee leden van het Willebrordusfonds. Van de opbrengst van het Willebrordusfonds worden zo nodig aan ouders individueel bepaalde extra kosten van het volgen van onderwijs (b.v. excursies of schoolreizen) vergoed. Verzoeken daartoe kunnen bij de rector ingediend worden.